N-(4-Methoxybenzyl)isoxazol-3-amine ใช้ในสาขาเคมีทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบทางเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ โครงสร้างของมันมักถูกนำมาใช้ในการออกแบบสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ หรือต้านมะเร็ง นักวิจัยใช้กรอบโครงสร้างทางเคมีของมันในการปรับแต่งและเพิ่มประสิทธิภาพยาเพื่อให้มีประสิทธิผลและความเลือกสรรสูงขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) เพื่อทำความเข้าใจว่าการปรับเปลี่ยนทางเคมีส่งผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพอย่างไร สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินของโรค ความหลากหลายของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับกระบวนการค้นพบและพัฒนายา