4-Aminoisoxazole hydrochloride ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีและยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบไอโซซาโซล ซึ่งมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและการวิจัยทางเคมี เนื่องจากโครงสร้างเฉพาะของมันที่สามารถนำไปปรับเปลี่ยนเพื่อสร้างสารใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูง