(3-Methylisoxazol-5-yl)methanamine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการวิจัยทางเภสัชวิทยาและเคมีอินทรีย์สำหรับการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา โดยเฉพาะโรคทางระบบประสาทและจิตเวช นักวิจัยใช้มันในการสร้างลิแกนด์ที่เล็งเป้าไปยังตัวรับเฉพาะในสมอง เพื่อช่วยในการศึกษาสภาวะเช่น ภาวะซึมเศร้า โรควิตกกังวล และความบกพร่องทางความรู้ความเข้าใจ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการพัฒนายาปฏิชีวนะชนิดใหม่ เนื่องจากส่วนย่อย isoxazole ที่มีคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างกรอบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาเคมียารักษาและการค้นพบยาใหม่