อะซิโตน-13C3 ใช้เป็นสารประกอบที่ติดฉลากด้วยไอโซโทปเสถียรในสเปกโทรสโกปีนิวเคลียร์แมกเนติกเรโซนานซ์ (NMR) ทำให้นักวิจัยสามารถศึกษาคุณสมบัติโครงสร้างโมเลกุลและพลวัตด้วยความแม่นยำสูง นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารติดตามในการศึกษาการเมแทบอลิซึม ช่วยติดตามเส้นทางชีวเคมีและเข้าใจกระบวนการในเซลล์ นำไปใช้ในการวิจัยด้านสิ่งแวดล้อมเพื่อตรวจสอบชะตากรรมและการขนส่งของสารประกอบอินทรีย์ในระบบนิเวศ ยังใช้ในการพัฒนายาเภสัชที่ติดฉลากสำหรับการศึกษาเมแทบอลิซึมยาและเภสัชจลนศาสตร์ ความบริสุทธิ์ของไอโซโทปทำให้มีคุณค่าในการวิเคราะห์เชิงปริมาณและการสอบเทียบเครื่องมือวิเคราะห์