ไฮโดรควิโนน-D6 ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารมาตรฐานภายในในเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในสเปกโทรเมทรีมวลและสเปกโทรสโกปีนิวเคลียร์แมกเนติกเรโซนานซ์ (NMR) โครงสร้างเดยูเทอเรตของมันช่วยให้สามารถวัดปริมาณและวิเคราะห์ไฮโดรควิโนนที่ไม่ใช่เดยูเทอเรตและสารประกอบที่เกี่ยวข้องในส่วนผสมที่ซับซ้อนได้อย่างแม่นยำ การประยุกต์ใช้นี้มีความสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรม การทดสอบสิ่งแวดล้อม และการศึกษาการเมแทบอลิซึม ซึ่งการวัดระดับไฮโดรควิโนนอย่างแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวติดตามในงานศึกษากลไกเพื่อทำความเข้าใจปฏิกิริยาเคมีและเส้นทางที่เกี่ยวข้องกับไฮโดรควิโนน ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกระบวนการย่อยสลายและการแปลงเมแทบอลิซึม ความเสถียรและความบริสุทธิ์ของไอโซโทปทำให้เป็นเครื่องมือที่เชื่อถือได้สำหรับการประยุกต์ใช้วิเคราะห์ที่มีความแม่นยำสูง นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและผลิตภัณฑ์เครื่องสำอางเพื่อศึกษาประสิทธิภาพและความปลอดภัย