N-Desmethyl Clomipramine D3 hydrochloride เป็นสารที่ใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะในด้านเภสัชวิทยาและเคมีวิเคราะห์ มักใช้เป็นสารมาตรฐานอ้างอิงในการศึกษาการเผาผลาญของยา (drug metabolism) และการติดตามการกระจายตัวของยาในร่างกาย เนื่องจากเป็นสารที่ติดฉลากด้วยไอโซโทป (isotope-labeled compound) ทำให้สามารถติดตามและวิเคราะห์ได้อย่างแม่นยำในตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เลือดหรือปัสสาวะ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาวิธีการวิเคราะห์ทางเคมีเพื่อตรวจวัดปริมาณยาและสารเมแทบอไลต์ในร่างกาย ซึ่งเป็นประโยชน์ในการศึกษาประสิทธิภาพและความปลอดภัยของยาในขั้นตอนการวิจัยและพัฒนา