เมทานอล-13C ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารติดตามในงานศึกษาการเผาผลาญและการวิจัยที่เกี่ยวข้องกับการติดฉลากไอโซโทป การประยุกต์ใช้หลักคือการติดตามและวิเคราะห์เส้นทางชีวเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการทำความเข้าใจการเผาผลาญเมทานอลในสิ่งมีชีวิต นอกจากนี้ยังใช้ในสเปกโทรสโกปีนิวเคลียร์แมกเนติกเรโซนานซ์ (NMR) เป็นตัวทำละลายที่ติดฉลาก ช่วยในการวิเคราะห์โครงสร้างและพลวัตของโมเลกุลอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังเป็นส่วนประกอบหลักในการสังเคราะห์สารประกอบที่ติดฉลากสำหรับการศึกษาเภสัชกรรมและสิ่งแวดล้อม ทำให้ผู้วิจัยสามารถตรวจสอบปฏิกิริยาเคมีและกระบวนการย่อยสลายด้วยความแม่นยำสูง การใช้งานยังขยายไปถึงการทดสอบลมหายใจสำหรับวินิจฉัยภาวะทางการแพทย์บางอย่าง ซึ่งช่วยวัดกิจกรรมการเผาผลาญ