2-Amino-4,6-dimethoxypyrimidine-d6 ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารอ้างอิงในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในงานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับเคมีอินทรีย์และเภสัชวิทยา เนื่องจากเป็นสารที่มีการติดฉลากด้วยดิวเทอเรียม (D6) จึงมักถูกนำไปใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับกลไกของปฏิกิริยา หรือการติดตามโมเลกุลในระบบทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตร โดยช่วยในการวิเคราะห์และทำความเข้าใจพฤติกรรมของโมเลกุลในสภาวะต่าง ๆ