Rapamycin-d3 ถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์และการทดลองทางคลินิกเพื่อศึกษากลไกการทำงานของ mTOR (mechanistic target of rapamycin) ซึ่งเกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์และการแบ่งตัว การใช้ Rapamycin-d3 ช่วยในการติดตามและวิเคราะห์การกระจายตัวและการเผาผลาญของสารในร่างกาย โดยเฉพาะในการศึกษาด้านมะเร็งและโรคที่เกี่ยวข้องกับการเสื่อมสภาพของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่การยับยั้ง mTOR เพื่อรักษาโรคต่างๆ เช่น โรคภูมิคุ้มกันบกพร่องและโรคเกี่ยวกับการอักเสบ