โอเมพราโซล-d3 ใช้เป็นสารอ้างอิงมาตรฐานในการวิเคราะห์ทางห้องปฏิบัติการ เพื่อวัดปริมาณโอเมพราโซลในตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น เลือดหรือปัสสาวะ โดยใช้เทคนิคเช่น LC-MS/MS (Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry) ซึ่งช่วยให้การวิเคราะห์มีความแม่นยำและมีความจำเพาะสูง นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการเผาผลาญของยาและเภสัชจลนศาสตร์ เพื่อให้เข้าใจกลไกการทำงานและประสิทธิภาพของโอเมพราโซลในร่างกายมนุษย์ได้ดีขึ้น