Fexofenadine D6 ใช้เป็นสารมาตรฐานภายในในการวิเคราะห์ทางเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อวัดปริมาณและติดตามการกระจายตัวของ fexofenadine ในตัวอย่างทางชีวภาพ เช่น พลาสมา ปัสสาวะ หรือเนื้อเยื่อ การใช้ Fexofenadine D6 ช่วยเพิ่มความแม่นยำและความน่าเชื่อถือของผลการวิเคราะห์ เนื่องจากเป็นสารที่มีโครงสร้างและคุณสมบัติทางเคมีใกล้เคียงกับ fexofenadine แต่มีเครื่องหมาย isotopic ที่แตกต่างกัน ทำให้สามารถแยกแยะได้ง่ายในการทดสอบด้วยเทคนิคต่าง ๆ เช่น mass spectrometry นอกจากนี้ ยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษาด้านเภสัชจลนศาสตร์และกระบวนการเมแทบอลิซึมของยาในร่างกาย