2-Methoxy-5-methylphenyl isothiocyanate นิยมใช้ในงานวิจัยทางเคมีและชีววิทยาเพื่อเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีศักยภาพทางยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านมะเร็งและสารต้านเชื้อจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีของกลุ่มไอโซไทโอไซยาเนต ซึ่งมีความสำคัญในการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพเฉพาะทาง