2,5-Difluorophenyl isothiocyanate ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการสร้างอนุพันธ์ของยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากกลุ่มไอโซไธโอไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยากับกลุ่มเอมีนหรือไฮดรอกซิลได้ดี จึงนิยมใช้ในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือความจำเพาะของยา นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็งหรือโรคติดเชื้อ