2,6-Difluorophenylisothiocyanate ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารประกอบที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา เช่น การสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็งหรือยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและการพัฒนาสารเรืองแสงสำหรับการวิเคราะห์ทางชีวเคมี ในอุตสาหกรรมวิจัย มักถูกนำมาใช้เพื่อปรับแต่งโครงสร้างของสารเคมีให้มีคุณสมบัติเฉพาะทางมากขึ้น