2-Chloro-6-fluorophenylisothiocyanate ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ กลุ่ม isothiocyanate ของมันทำปฏิกิริยากับแอมไฟน์เพื่อสร้างอนุพันธ์ thiourea ซึ่งมีคุณค่าในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพต้านจุลชีพหรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบ heterocyclic ซึ่งจำเป็นในการออกแบบวัสดุใหม่และส่วนผสมออกฤทธิ์สำหรับผลิตภัณฑ์ป้องกันพืช โครงสร้าง halogenated ของมันยังทำให้มีประโยชน์ในการวิจัยเพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ