sec-Butyl Isothiocyanate ใช้หลักในการเกษตรเป็นสารรมควันดินเพื่อควบคุมไนมาโตด วัชพืช และเชื้อโรคในดิน ซึ่งช่วยเพิ่มการป้องกันพืชและผลผลิต นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีและชีววิทยาเป็นสารกลางเคมีในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีทางการเกษตรและยา เนื่องจากมีคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์และศัตรูพืชบางชนิด และมีการสำรวจใช้ในการจัดการศัตรูพืชเพิ่มเติม