สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกต่าง ๆ กลุ่มไอโซไธโอไซยาเนตมีปฏิกิริยาได้ดี ทำให้มีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์ไธโอยูเรีย ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ ในเคมียา มันถูกใช้ในการพัฒนาฟาร์มาโคฟอร์ใหม่ โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติต้านมะเร็ง ต้านจุลินทรีย์ หรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาที่มีประโยชน์ในการศึกษาการตอบสนองทางเคมีและกลไก โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับสารประกอบที่มีกำมะถัน