2,4-Dimethoxyphenyl isothiocyanate ใช้หลักๆ ในเคมีอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารเคมีหลักสำหรับการนำกลุ่มฟังก์ชันไอโซไทโอไซยาเนตเข้าไปในโมเลกุลต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและสีย้อม ซึ่งช่วยในการวิจัยทางชีวเคมีและการวินิจฉัย บทบาทในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และโปรตีนยังทำให้มีประโยชน์ในการศึกษาปร็อตีโอมิกส์และการค้นพบยา