2,4,6-Trimethylphenyl isothiocyanate ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นรีเอเจนต์หลักในการนำกลุ่มฟังก์ชันไอโซไทโอไซยาเนตเข้าสู่โมเลกุลต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมสารประกอบไทโอยูเรีย ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรมและการพัฒนาสารเคมีเกษตร บทบาทของมันในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อนทำให้เป็นเครื่องมือที่มีความสำคัญในเคมียารักษาและวิทยาศาสตร์วัสดุ