3-Bromo-4-Isothiocyanato-Benzonitrile ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์และชีวเคมี โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารเคมีที่ใช้ในการศึกษากลไกทางชีววิทยา เนื่องจากกลุ่มไอโซไทโอไซยาเนต (-NCS) ในโมเลกุลสามารถทำปฏิกิริยากับกลุ่มอะมิโนหรือไทออลในโปรตีนหรือเปปไทด์ได้ ทำให้สารนี้มีประโยชน์ในการสร้างสารประกอบเชิงซ้อนสำหรับการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุล นอกจากนี้ ยังอาจถูกใช้ในการพัฒนาสารเคมีที่ใช้ในการวินิจฉัยหรือการรักษาโรค โดยเฉพาะในด้านการออกแบบสารยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับสัญญาณในเซลล์