1,3-ไดคลอโร-2-ไอโซไทโอไซยานาโตเบนซีน ถูกใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา ซึ่งกลุ่มไอโซไทโอไซยานาโตที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยในการก่อตัวของอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งมีประสิทธิภาพในการควบคุมเชื้อก่อโรคพืชหลากหลาย นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพ สนับสนุนการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ ความหลากหลายในการทำปฏิกิริยาเคมีทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในกระบวนการวิจัยและอุตสาหกรรมที่มุ่งพัฒนาเอนทิตีเคมีใหม่ที่มีกิจกรรมชีวภาพเฉพาะ