3-Methoxypropyl isothiocyanate มีการใช้งานในหลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเคมีและเกษตรกรรม ในอุตสาหกรรมเคมี มันถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไกการทำงานของสารต่างๆ ในด้านเกษตรกรรม สารนี้มีศักยภาพในการใช้เป็นสารควบคุมศัตรูพืช เนื่องจากมีคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของแมลงและจุลินทรีย์บางชนิด ทำให้เป็นทางเลือกหนึ่งในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพและเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม