3-Iodophenyl isothiocyanate ใช้ในงานวิจัยทางเคมีและชีววิทยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาโปรตีนและเอนไซม์ โดยการทำปฏิกิริยากับกลุ่มฟังก์ชันอะมิโนเพื่อติดฉลากหรือปรับเปลี่ยนโครงสร้างของโปรตีนให้สามารถวิเคราะห์ได้ง่ายขึ้น ในทางเคมีเภสัชกรรม สารนี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากสามารถนำไปปรับเปลี่ยนโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยาได้