3-Methoxyphenyl isothiocyanate ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีและชีวเคมี โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์และสารตั้งต้นสำหรับการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มไอโซไธโอไซยาเนต ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการสร้างสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านแบคทีเรีย ต้านเชื้อรา หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตรที่มีประสิทธิภาพสูง