ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกและโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการพัฒนาเภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และวิทยาศาสตร์วัสดุ กลุ่มไอโซไทโอไซยาเนตทำปฏิกิริยากับเอมีนเพื่อสร้างอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งเป็นสารกลางที่มีคุณค่าในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์โพรบเรืองแสงและสีย้อม เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางแสง กลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรและลิโพฟิลิกของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีประโยชน์ในการค้นพบและปรับปรุงยา