3,4,5-Trimethoxyphenyl isothiocyanate ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารเคมีสำคัญในการเตรียมโมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายา โดยเป็นชิ้นส่วนพื้นฐานในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา กลุ่มไอโซไทโอไซยาเนตช่วยให้ทำปฏิกิริยากับเอมีน แอลกอฮอล์ และนิวคลีโอไฟล์อื่น ๆ ทำให้ยืดหยุ่นในการสังเคราะห์ไทโอยูเรีย ไทโอคาร์บาเมต และอนุพันธ์อื่น ๆ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการดัดแปลงโปรตีน เนื่องจากสามารถโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพได้ และส่วนของไตรเมทอกซีฟีนิลช่วยในการออกแบบโมเลกุลที่มีสมบัติการจับเฉพาะเจาะจงสำหรับการค้นพบยาและการศึกษาไบโอเคมี โดยเฉพาะในการพัฒนาสารต้านมะเร็งและต้านจุลชีพ