3-(Methylthio)phenyl isothiocyanate ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ต่างๆ กลุ่มไอโซไธโอไซยาเนตของสารนี้ทำปฏิกิริยากับอะมีนเพื่อก่อตัวเป็นไธโอยูเรีย ซึ่งมีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างยาที่มีศักยภาพในการรักษา กลุ่มเมทิลไทโอช่วยเพิ่มปฏิกิริยาของสารประกอบ ทำให้มีประโยชน์ในการปรับโครงสร้างโมเลกุลเพื่อให้ได้คุณสมบัติทางเคมีที่ต้องการ