ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา กลุ่มไอโซไธโอไซยาเนตที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคู่กับอะมีนเพื่อสร้างอนุพันธ์ไธโอยูเรีย ซึ่งสำคัญในการสร้างโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบออร์แกนิกฟลูออรีนโดยการมีทั้งฟลูออรีนและคลอรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับกับส่วนประกอบที่ออกฤทธิ์ นิยมใช้ในงานวิจัยสำหรับออกแบบสารป้องกันพืชใหม่และในเคมีทางการแพทย์สำหรับบล็อกก่อสร้างในการค้นพบยา