ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในการผลิตสารตั้งต้นสำหรับยาหรือสารชีวภาพที่มีโครงสร้างเบนซีนนำร่อง หมู่ไอโซธิโอไซยาเนตทำให้สารนี้สามารถทำปฏิกิริยากับสารประกอบที่มีหมู่อะมิโนหรือไฮดรอกซิลได้ดี จึงเหมาะสำหรับการสร้างพันธะโควาเลนต์ในห้องปฏิบัติการ เช่น ใช้ติดฉลากโปรตีนหรือพัฒนาสารยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านเคมีเชิงชีวภาพเพื่อศึกษาการทำงานของโปรตีนหรือการโต้ตอบระหว่างโมเลกุลในเซลล์