ใช้หลักๆ เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อรา หมู่ไอโซไทโอไซยาเนโตช่วยให้เกิดพันธะโคเวเลนต์กับไบโอโมเลกุล ทำให้มีคุณค่าสำหรับการไบโอคอนจูเกชันในงานวิจัยและการวินิจฉัย นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบออร์แกนิกฟลูออรีน โดยที่อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก หมู่ไนไตรล์และไตรฟลูออโรมิทิลที่ดูดอิเล็กตรอนช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเลือกกรานในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปพลิง ใช้อย่างแพร่หลายในเคมีทางการแพทย์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม เนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่แข็งและรูปแบบการแทนที่ด้วยฮาโลเจน