ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาและวิเคราะห์โปรตีน เนื่องจากหมู่ไอโซธิโอไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนของกรดอะมิโน เช่น ไลซีน ทำให้สามารถติดฉลากหรือจับกับโปรตีนได้ จึงเหมาะสำหรับการพัฒนาตัวติดตามหรือสารตรวจสอบในระบบชีวภาพ ใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษาเส้นทางสัญญาณของเซลล์หรือการจำแนกโปรตีนเฉพาะชนิด นอกจากนี้ยังมีศักยภาพในการนำไปใช้ในงานพัฒนายา โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างของไอโซควิโนลีนสามารถข้ามเยื่อหุ้มสมองได้ดี