ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับยาและสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ หมู่ไอโซธิโอไซยาเนตทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับนิวคลีโอไฟล์ เช่น อะมีนและไทออล ทำให้มีคุณค่ากในการเตรียมอนุพันธ์ไทโอยูเรียและสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการวิจัยที่มุ่งเป้าไปยังตัวยับยั้งเอนไซม์และลิแกนด์ตัวรับ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมทางชีวภาพในโมเลกุลเป้าหมาย ส่วนของไพเพอร์ิดีนช่วยเพิ่มการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ซึ่งเป็นประโยชน์ในการออกแบบยาเพื่อปรับปรุง bioavailability