เอทิลไอโซไทโอไซยาเนตถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในภาคเกษตรกรรมในฐานะสารรมควันและยาฆ่าแมลงเพื่อควบคุมศัตรูพืชและเชื้อโรคในดิน มีประสิทธิภาพต่อไนมาโตเดส เชื้อรา และวัชพืช ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการปกป้องพืชผลและจัดการดิน ในอุตสาหกรรมยา มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ รวมถึงสารต้านมะเร็งที่เป็นไปได้และยาต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมอนุพันธ์ไทโอยูเรียและสารประกอบที่มีกำมะถันอื่นๆ บทบาทในอุตสาหกรรมรสชาติและกลิ่นหอมรวมถึงการมีส่วนร่วมในกลิ่นฉุนที่เป็นลักษณะเฉพาะในผลิตภัณฑ์อาหารบางชนิดและน้ำมันหอมระเหย ในห้องปฏิบัติการ เอทิลไอโซไทโอไซยาเนตยังถูกใช้เป็นรีเอเจนต์ในการวิเคราะห์ทางเคมีและชีวเคมี เพื่อตรวจสอบหรือวัดปริมาณสารบางชนิดในตัวอย่าง