4-Chloroisothiazolo[5,4-d]pyrimidine เป็นสารเคมีที่มีศักยภาพในการใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์ยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เฉพาะเจาะจงทำให้มันมีประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อโรค นอกจากนี้ยังมีการศึกษาที่แสดงให้เห็นถึงศักยภาพในการใช้เป็นสารตั้งต้นสำหรับการพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการยับยั้งเอนไซม์หรือโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังอาจนำไปใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของสารเคมีในระบบชีวภาพอีกด้วย