4-Bromo-7-fluoroisoquinoline เป็นสารประกอบที่ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยและพัฒนายาในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่ active ต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งหมู่แทนที่โบรมีนและฟลูออรีน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางรักษาโดยศักยภาพ มันมักถูกใช้ในการออกแบบยาที่มุ่งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โดยเฉพาะในสาขามะเร็งวิทยาและระบบประสาทวิทยา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนาโพรบฟลูออเรสเซนต์และตัวแทนการถ่ายภาพ ซึ่งช่วยในการศึกษากระบวนการเซลล์และกลไกโรค การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ โดยใช้ในการสังเคราะห์วัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์