กรดไอโซควินโอลีน-3 มีการนำไปใช้หลักๆ ในสาขาเคมีเภสัชวิทยาและการพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่ biologically active ต่างๆ รวมถึงตัวแทนบำบัดที่เป็นไปได้ โครงสร้างของมันมักถูกใช้ในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับที่เกี่ยวข้องกับโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง การอักเสบ และความผิดปกติทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและตัวแทนสำหรับการถ่ายภาพ เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ นักวิจัยยังสำรวจบทบาทของมันในการสร้างวัสดุใหม่ที่มีลักษณะทางอิเล็กทรอนิกส์หรือโฟโตฟิสิกส์เฉพาะสำหรับใช้ในอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์หรือเซ็นเซอร์