1-Chloro-4-methoxyisoquinoline ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารกลางที่หลากหลายในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มคลอโรและเมทอกซี่ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางรักษา นักวิจัยมักใช้มันในการเตรียมอนุพันธ์ไอโซควิโนลีน ซึ่งมีคุณค่าทางชีวภาพที่สำคัญ รวมถึงคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านมะเร็ง และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาคำอธิบายปฏิกิริยาเคมีและกลไก เพื่อช่วยในการสำรวจเส้นทางสังเคราะห์ใหม่และการปรับปรุงกระบวนการที่มีอยู่ บทบาทของมันในเคมียารักษาและการค้นพบยาเน้นย้ำถึงความสำคัญในการพัฒนานวัตกรรมทางรักษา