6-Bromoisoquinoline-1-carbonitrile ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการพัฒนายาต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเกิดขึ้น โดยเฉพาะในสาขาเคมียารักษา โครงสร้างของมันมีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อคุณสมบัติทางรักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาและพัฒนายาใหม่ที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่