5-Bromoisoquinolin-6-amine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ใช้ในอุตสาหกรรมยา เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความเหมาะสมสำหรับการทำปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ เช่น การสร้างพันธะคาร์บอน-ไนโตรเจน หรือการสร้างวงแหวนใหม่ นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่ใช้ในการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น โรคมะเร็งหรือโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ยังอาจถูกนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ ๆ หรือศึกษากลไกการทำงานของโมเลกุลในระดับเซลล์