5-Chloroisoquinolin-6-amine ถูกใช้หลักในสาขาเคมีเภสัชศาสตร์เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการพัฒนายาตัวกลางที่อาจใช้เป็นยารักษา รวมถึงตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นักวิจัยมักใช้สารนี้เพื่อสำรวจคุณสมบัติทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายโรคเช่นมะเร็ง การอักเสบ หรือโรคระบบประสาท นอกจากนี้ยังเป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ในการค้นพบและพัฒนายา ความยืดหยุ่นทำให้เป็นเครื่องมือมีค่าตในการออกแบบและปรับปรุงสารเคมีใหม่สำหรับการวิจัยเภสัชภัณฑ์