7-Chloro-3-(chloromethyl)isoquinoline เป็นสารเคมีที่นำมาใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่ปรับเปลี่ยนระบบสื่อประสาท เช่น ตัวรับ GABA และ dopamine คุณสมบัติทางโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่อาจใช้รักษาความวิตกกังวล ภาวะซึมเศร้า และภาวะอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกทางชีวเคมีและกลไกการออกฤทธิ์ของตัวแทนบำบัดเหล่านี้ ความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์ของมันยังช่วยให้สามารถสร้างสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการประยุกต์ใช้ทางเคมีเภสัชวิทยา