6-Methoxyisoquinoline-1-carbonitrile ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารประกอบชีวภาพ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการออกแบบยาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะสำหรับการรักษาโรคทางระบบประสาทหรือมะเร็ง กลุ่มเมทอกซีและไนไตรล์ช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้เป็นสารกลางที่หลากหลายในการวิจัยเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์หรือการจับกับตัวรับเนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์