8-Bromo-6-fluoroisoquinoline ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในกระบวนการออกแบบและสังเคราะห์สารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งอาจมีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ต้านมะเร็ง ต้านเชื้อแบคทีเรีย หรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในด้านเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง และอาจถูกนำไปใช้ในการสร้างสารเรืองแสงหรือสารที่ใช้ในเทคโนโลยีการถ่ายภาพทางการแพทย์อีกด้วย