6-Ethynylisoquinoline ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และเคมีทางการแพทย์ในฐานะบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อน กลุ่มเอทไธนิลของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีคลิก โดยเฉพาะการ cycloaddition ของอะซายด์-อัลไคน์ที่เร่งด้วยทองแดง (CuAAC) ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการออกแบบยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทหรือมะเร็ง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการเตรียมโพรบเรืองแสงและสารตัวแทนการถ่ายภาพ ช่วยในการวิจัยทางชีวเคมีและการวินิจฉัย โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครของมันมีส่วนช่วยในการพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์หรือโฟโตฟิสิกส์เฉพาะ ซึ่งมีประโยชน์ในอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และ optoelectronics