5-Chloroisoquinolin-3-amine ถูกใช้ในการวิจัยเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางบำบัด มันมีบทบาทในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาทและมะเร็ง เนื่องจากคุณสมบัติทางโครงสร้างของมัน นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่วิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งช่วยในการพัฒนาวัสดุอินทรีย์ขั้นสูง