4-Bromo-5-fluoroisoquinoline ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพสำหรับโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่ช่วยให้มีการโต้ตอบที่มีประสิทธิภาพกับเอนไซม์และตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาเพื่อค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ ผู้แทนย่อยโบรโม่และฟลูออโรที่ไม่เหมือนใครทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการปรับเปลี่ยนและปรับปรุงคุณสมบัติคล้ายยาในสารนำ