3-(คลอโรเมทิล)ไอโซควิโนลีน เป็นสารประกอบที่นำมาใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารตั้งต้นที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างทางเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่ออุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ รวมถึงยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง นอกจากนี้ กลุ่มคลอโรเมทิลที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้มีประโยชน์ในการสร้างลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยา และในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบโพลิเมอร์หรือสารเคลือบขั้นสูง การประยุกต์ใช้มักมุ่งเน้นไปที่กระบวนการวิจัยและพัฒนาเพื่อค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่หรือวัสดุที่มีฟังก์ชัน