ใช้ในงานสังเคราะห์สารอินทรีย์เป็นสารกลางสำหรับเภสัชภัณฑ์และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ หมู่ไอโอดีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาข้ามพันธะ เช่น Suzuki หรือ Heck reactions ซึ่งช่วยในการสร้างอนุพันธ์ไอโซควิโนลีนที่ซับซ้อน หมู่เมทอกซี่ช่วยเพิ่มความหนาแน่นของอิเล็กตรอน ส่งผลต่อปฏิกิริยาและความเลือกเฉพาะในการแปลงวงแหวน นิยมใช้ในการพัฒนายับยั้ง kinase สารต้านจุลชีพ และโพรบเรืองแสง เนื่องจากแกนไอโซควิโนลีนมีความสัมพันธ์กับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับออกแบบวัสดุขนส่งอิเล็กตรอนในอุปกรณ์ออปโตอิเล็กทรอนิกส์