ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพที่มีศักยภาพ โครงสร้างของมันสนับสนุนการสร้างระบบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อนซึ่งโต้ตอบกับเป้าหมายในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษายับยั้ง kinase เนื่องจากแกน isoquinoline มีความสัมพันธ์กับบริเวณออกฤทธิ์ของเอนไซม์ ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาเพื่อการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ในการปรับปรุงผู้สมัครยา