7-ฟลูออร์ไอโซควิโนลีน เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้า และยาคลายกังวล สารนี้ยังถูกใช้ในการพัฒนายาต้านจุลชีพและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถแทรกซึมเข้าสู่เซลล์ได้ดี และมีศักยภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิดที่เกี่ยวข้องกับการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ที่มีฤทธิ์เฉพาะทาง โดยเฉพาะในโครงการค้นคว้ายาใหม่ๆ ที่ต้องการความจำเพาะสูงและผลข้างเคียงต่ำ